Serão escolhidos até 30 projetos para receber o fomento pelo período de dois anos, que podem ser prorrogados por mais dois anos. As propostas podem ser de qualquer área do conhecimento e devem prever a mobilidade de pesquisadores e de estudantes de ambas as equipes. O Probral prevê a concessão de recursos para a realização de missões de trabalho e manutenção dos projetos, bem como o financiamento de bolsas de doutorado sanduíche e pós-doutorado na Alemanha.
Os professores brasileiros devem apresentar suas candidaturas junto à Capes. Os proponentes devem atentar para o prazo de cadastramento de instituição brasileira ou estrangeira no Sistema de Inscrições da Capes (caso já não tenha havido cadastramento). O site da Capes tem uma página dedicada ao Probral, com a visão geral do programa, links para o edital atual e os antigos.
Já os professores alemães solicitam o apoio junto ao DAAD na Alemanha e devem buscar as informações necessárias na página do Programa PPP, denominação dada ao Probral no lado alemão. Na referida página, estão os links para os documentos necessários à candidatura.